虽然角膜异物的诊断通常比较容易确定，并且一般都能够正确诊断，但有时候还是需要进行鉴别，以避免误诊。其通常需要与角膜锈环或锈斑、小点状的虹膜脱出等鉴别。
1、角膜锈环或锈斑：如果角膜上有存留时间较久的铁质异物，即使异物已经被去除，仍然可以看到异物处的铁质沉着，形成一个黑点。如果不仔细检查，可能会误认为是角膜异物。铜异物存留时间久了之后，也可能出现角膜铜质沉着症，但通过裂隙灯显微镜检查，可以很容易地进行鉴别；
2、小点状的虹膜脱出：角膜的小裂伤可能导致小点状或小珠状的虹膜脱出。有些小裂伤并不会引起明显的瞳孔变形或移位等虹膜脱出的典型表现。特别是靠近角膜缘的小裂伤导致的周边虹膜少量脱出或嵌顿，可能不会造成瞳孔的改变，与黑色角膜异物相似。遇到这种情况，需要进行裂隙灯显微镜检查，以鉴别是否为角膜异物。
参考资料：[1]李昌武等主编,眼耳鼻喉头颈外科学,云南科技出版社,2018.12